Příběh z klonových válek předcházejících Epizodě IIIV galaxii se rozhořela krutá válka. Osudy klíčových aktérů na obou znepřátelených stranách budou brzy zpečetěny, ale události, které povedou ke konečnému zúčtování, mají svůj začátek v labyrintu zla... Rytíři Jedi Obi-Wan Kenobi a Anakin Skywalker se vypraví na planetu Neimoidii, aby zajali zrádného spojence Sithů. Přestože se jim nepodaří úkol splnit, jejich odvážný pokus přinese nečekané ovoce: získají stopu, jež může republikové jednotky dovést až k tajemnému Darthu Sidiousovi, který řídí každý krok separatistů. Ve stupňující se hře plné sabotáží a odvetných akcí, jež se odehrávají v nejrůznějších koutech galaxie, je Sidious stále o tah napřed. Pak však hra nabere nečekaný obrat: Sidious a jeho přisluhovači spustí nemilosrdnou kampaň s cílem rozdělit a ovládnout Jedie a srazit Republiku na kolena.